|
|
Epigenetické mechanismy vs. RNA řízená editace genů v jednobuněčných zelených mikrořasách =: Epigenetic mechanisms vs. RNA directed gene editing in unicellular green microalgae /
Bačová, Romana
První část práce je věnována studiu epigenetické regulace genů v zelených jednobuněčných řasách. Popisuje vliv prostředí na metylaci DNA, modifikace histonů, strukturu chromatinu i RNA interference a dotýká se i jejich vlivu na metabolom. Blíže se zaměřuje na metylace DNA – interakce s vnějším prostředím, reakce na stres. Konkrétně byl studován vliv demetylačního činidla 5-azacytidnu a CdCl2 na množství 5-mC a metabolitů methioninového cyklu v Chlamydomonas reinhardtii a Scenedesmus quadricauda v souvislosti s produkcí sekundárních metabolitů. Druhá část práce je zaměřena na genetické inženýrství. Konkrétně byla použita metoda CRISPR/Cas9, jakožto RNA-řízená editace genů u modelového organismu C. reinhardtii. Byla provedena optimalizace na chloroplastovém genu cpFTSY, projevující se změnou fenotypu u mutovaných kolonií. Dále byl CRISPR/Cas9 použit pro editaci adiposupresorového genu WDTC1. U obou genů jsme získali mutanty, jejichž DNA byla opravena pomocí NHEJ i HDR. Pomocí NileRed analýzy byl u dvou ?WDTC1 kolonií prokázán zvýšený obsah TAG. Epigenetické mechanismy je třeba dále studovat pro pochopení adaptace mikrořas na stres a okolní prostředí, což nám dodává cenné informace pro poznání nových transkripčních faktorů či lepší pochopení metabolických drah. Tyto informace se dají využít pro řízenou editaci genů, vedoucí ke zvýšenému množství biologicky aktivních látek mikrořas, a to bez omezení nárůstu biomasy.
|
|
|
TET1 overexpression, DNA hypomethylation and aberrant expression of human endogenous retrovirus ERVWE1 in germ cell tumors
Benešová, Martina ; Trejbalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
Testikulární nádory zárodečných buněk se dělí na seminomy a neseminomy (embryonální karcinom, nádor žloutkového váčku, choriokarcinom a teratom). Tyto nádory se mezi sebou liší ve stupni diferenciace, kdy seminom představuje jejich nejméně diferencovaný typ. Našim cílem bylo charakterizovat specifické epigenetické vlastnosti nádorů mužských zárodečných buněk, které zde umožňují transkripci lidského endogenního retroviru ERVWE1. Náš výzkum odhalil zvýšenou hladinu mRNA TET1-3 dioxygenáz, zejména pak TET1 v seminomech. Pro seminomy byla také charakteristická nízká celková hladina 5mC a 5hmC. TET1 knock-down v buněčné linii odvozené od seminomu vedl ke snížení množství 5hmC, zatímco hladina 5mC se nezměnila. Tyto výsledky poukazují na význam málo prozkoumané dynamiky cytosinových modifikací. Nízká celková hladina 5mC v seminomech se odráží i v nízké hladině metylace DNA promotorové oblasti ERVWE1. Nízká hladina metylace DNA v promotorové oblasti je jedním z faktorů, které umožňují pozorovanou intenzivní transkripcí ERVWE1 a účinný sestřih vzniklé RNA. Transkripce dalších zkoumaných lidských endogenních retrovirů neodpovídá produkci pozorované u ERVWE1. Z našich výsledků vyplývá, že vysoká hladina dioxygenázy TET1 je charakteristickou vlastností nediferencovaných typů nádorů zárodečných buněk. Navíc,...
|
host ::
RSS.